Radnja se odvija 3 godine kasnije, gdje su dosadašnja izabrana djeca u srednjoj školi. Pojavljuje se nova prijetnja, Car Digimona, čovjek kao i oni. On porobljava digimone crnim prstenjem i spiralama, i pravi crne kule, koje ne dozvoljavaju digimonima da evoluiraju. Tako da je jos troje dece odabrano, i stvorena nova generacija Izabrane djece. Nova izabrana djeca također imaju digimon partnere i nove, Digistore 2 (Digivice D-3).